Я создал окно, запустил таймер на 1 мин, и теперь программно хочу его закрыть. Подскажите пожалуйста как это сделать.

Ну это можно так:
invoke Sleep,"1 мин"
invoke SendMessage,hWin,WM_CLOSE,0,0
Ну и всё.
Но Sleep это не таймер, а задержка.
Если для таймера, то
invoke KillTimer,hWin,IdTimer
invoke SendMessage,hWin,WM_CLOSE,0,0

А лучше так:

.IF msg == WM_TIMER
invoke DestroyWindow,hWin
ret
.ENDIF

WM_CLOSE по дефолту вызывает DestroyWindow, которая
автоматически убивает все таймеры (Не нужно вызывать
KillTimer)