Ага... Ясненько. Продолжаем чтение... Спасибо!
Письмо получил?

volodya

Наверное лучше подключить еще и Max'а как человека уже имеющего хоть какой то опыт. На троих получиться быстрее ;)

Да, идея классная.
Max - я уже прочитал достаточно, чтобы догнать немного - что такое "нейронное смещение". Осталось догнать на какую кнопочку жать и какую сеть создавать для данной задачи :)

Fixer
Max

Господа. Команда вы моя. :))
Значит так - вам потребуется вьювер молекул, если хотите увидеть результат. Оценивать результаты будем визуально :) До жопы мне все эти RMSD-функции подсчета, минимум энергии и т.п. Посмотрели на произведенный сетью белочек - выглядит как остальные? - УРЯ!! Нет - что-то мы не учитываем. Может, конфигурация сети не та, может еще что.
База данных по белкам, полученная с помощью кристаллографических методов, доступна по адресу http://www.rcsb.org/pdb/
Формат pdb - текстовый на редкость тупорылый и глючный формат (уже есть другие). Но он текстовый - а значит, удобен для нас. Вьюверы такого формата - их два - RasMol - очень симпатичная утилитка - шустрая и забавная - http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol
и еще одна коммерческая херня - на нее забьем.

Картинка :)

662242855__1.gif

Какая-то молекулярная порнография :)

Это 3-тичная или 4-тичная форма

Третичная. Если тебе интересен пример четвертичной структуры - набери на сайте pdb слово "hemoglobin" и слей себе позипленый файл. Увидишь четвертичную структуру :)
Мы будем считать вторичную структуру для предельно простых белков. Такие белки называются полипептидами. Как ты считаешь, какая должна быть конфигурация сети? Сколько слоев? С учителем или без учителя? С обратной связью или без?

Ысче одна картинка ;) Гемоглобин.

_616385959__2.GIF

У меня не все не так быстро я только что установил программу разбираюсь.

Разберешься. RasMol управляется, в основном, из командной строки. Однако для того, чтобы получить такую картинку, достаточно двух кликов мышью. По сути, это побочный эффект действий программы. Ее основное предназначение в другом - в возможности интерактивной работы с молекулой. Поиграйся с ней. В понедельник я раздобуду pdb-файлы полипептидов (я по прежнему не знаю сколько их нужно!!!) и мы начнем. Надо сформулировать условие, для чего я еще немножко должен почитать. Кроме того, надо чтобы кто-то (Max?) ответил бы на вопросы в топике выше.

Fixer

Мне достали matlab - версия 6.5 - 3 ISO. Проект дорабатываем на NeuralSolutions - она проще. Потом я тебе передаю все три исошки.

Не было печали, черти накачали. Сейчас читаю статьи на эту тему. Там черти используют Фурье. Это что за хрень? Где про нее можно почитать? Так, чтобы ДОСТУПНО!

Все, я уже полумертвый :( Но кое-какая идея есть. Итак. Задача - по заданной последовательности предсказать вторичную структуру. Сетка по заданной последовательности должна ответить на простой вопрос: "ЧТО мы получаем - альфа-спираль или бета-складчатый слой". Для того, чтобы программеры не испугались таких слов - ничего тут страшного нет, это элементы вторичной структуры, картинки будут в понедельник. Только надо подумать - как можно представить вторичную структуру? Последовательностью букв-символов аминокислот? Неэффективно и глупо. Положим, абсолютно другая последовательность букв тоже может дать вторичную структуру... Необходимо какое-то представление последовательности... Надо глянуть в учебник биохимии... Бля... Открыл, смотрю. Биохимики тоже хренеют. Итак, еще более упростим задачу, т.к. я нашел условия только для альфа-спирали.

поэтому в положениях (i+1) и (i+2), (i+1) и (i+4), (i+1) и (i+5) альфа-спиралей 
редко одновременно встречается два объемных радикала, 
таких, например, как боковые радикалы тирозина, триптофана и изолейцина

Это выглядит достаточно неплохим условием. Еще раз в учебник. Крупные радикалы у следующих аминокислот:

лейцин
изолейцин
фенилаланин
тирозин
триптофан
гистидин

Я уточню, какая именно буква чему соответствует. Подзабыл я уже эту IUPAC-классификацию :(((

Математики, вы думаете этого достаточно для формулирования условия, а?

Преобразование Фурье переводит сигнал в частотную область т.е. если ты хоть раз видел АЧХ то это преобразование из сигнала в АЧХ (на сомаом деле и в ФЧХ тоже).

Посмотри здесь главу 12 и 13