Кто нибудь сталкивался с подобным: если структура NOTIFYICONDATA глобальная, при NIM_DELETE иконка удаляется сразу, а если она локальная, то только после обновления трея.

Если иконка не удаляется программой (или удаляется не корректно), то трей сам её удалит после обновления. Медитируйте!

Но в обоих случаях удаление происходит через
.IF uMsg==WM_DESTROY
invoke Shell_NotifyIcon,NIM_DELETE,addr note

Dust112
Если note является локальной структурой и не заполняется снова перед NIM_DELETE, то удаления не произойдёт. Надо так:

.IF uMsg==WM_DESTROY
mov note.cbSize,SIZEOF NOTIFYICONDATA
push hWnd
pop note.hwnd
mov note.uID,ID
invoke Shell_NotifyIcon,NIM_DELETE,addr note

Огромное спасибо за уделенное всемя. Все работает.