По непонятной причине не работает код:

include '%fasminc%/win32ax.inc'
.data
TID dd 0
.code
start:

invoke SetTimer,NULL,NULL,1000,TimerProc
mov [TID],eax

jmp $
invoke  ExitProcess,0

proc TimerProc, hwnd, uMsg, idEvent, dwTime
 int3
 invoke  KillTimer,0,[TID]
 invoke MessageBox, HWND_DESKTOP,'!','!', MB_OK
 return
endp
.end start                 

Управление TimerProc почему-то не передаётся...

Конечно , а где MSG , где GetMessage(WM_TIMER)-DispatchMessage ?
см. пример http://wasm.ru/forum/index.php?action=vthread&forum=4&topic=5265&page=1#7
з.ы. если будут проблемы с MessageBox , читать тут http://wasm.ru/forum/index.php?action=vthread&forum=4&topic=7041

>invoke SetTimer,NULL,NULL,1000,TimerProc
А OFFSET TimerProc где?

Если не заметно, то компилятор FASM

Не буду вникать, но однажды была похожая проблема, возможно поможет первый ручной вызов функции таймера.

bogrus прав. Если этот код без изменений вставить в программу, создающую окно, то все работает.
А в этом варианте, мне кажется, если бы процедура и вызывалась, то через 1000 мс, а к тому времени процесс бы уже завершился.

Не завершится.
...
jmp $
invoke ExitProcess,0
...

ProgramMan
„Не завершится.
...
jmp $
invoke ExitProcess,0
...“
Так прога просто зависает в бесконечном цикле и не может получить отправленное сообщение WM_TIMER, как мне кажется.

В продолжение bogrus.
MSDN.COM:
When you specify a TimerProc callback function, the default window procedure calls the callback function when it processes WM_TIMER. Therefore, you need to dispatch messages in the calling thread, even when you use TimerProc instead of processing WM_TIMER.