Работает корректно, шустро. Парсит файл как мне и надо. Понимает и случаи вот такие вот:

%keywords{

%сommon {

BIND_Interaction_division(BIND fungi)}

Словом, я вполне доволен. Осталось привинтить какой-нибудь конечный автомат - логику более высокого уровня, который будет контролировать правильность файла и заниматься распихиванием данных.
P.S. Статьи по конечным автоматам можно найти на RSDN.