volodya

Ты обещал к понедельнику сформулировать задачу (что нужно?)

Я почти готов. Дай еще часок. Сейчас сделаю...

#include <stdio.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
	FILE *FP;
	unsigned total = 0, pro = 0, ala = 0;
	int ch = 0;


	FP = fopen(argv[1], "r");

	while(!feof(FP))
	{
		ch = fgetc(FP);
		if((char)(ch) == 'p') pro++;
		if((char)(ch) == 'a') ala++;
		if((char)(ch) != ' ') total++;
	}

	printf ("total - %u, alanine - %u, proline - %u\n", total, ala, pro);

	fclose(FP);
}

Значит так. Условие. Проверяем, сможет ли сформировать данная последовательность аминокислот альфа-спираль. Аминокислота "пролин" препятствует образованию альфа-спирали. Однобуквенное обозначение кислоты - "p". Аминокислота "аланин" способствует образованию альфа-спирали - "а". Через небольшой промежуток времени я дам тебе входные данные - это будет 10 файлов вида:

magnvkkssg agggtgsggs gsggliglmk dafqphhhhh hhlsphppgt vdkkmvekcw
klmdkvvrlc qnpklalkns ppyildllpd tyqhlrtils ryegkmetlg eneyfrvfme
nlmkktkqti slfkegkerm yeensqprrn ltklslifsh mlaelkgifp sglfqgdtfr
itkadaaefw rkafgektiv pwksfrqalh evhpissgle amalkstidl tcndyisvfe
fdiftrlfqp wssllrnwns lavthpgyma fltydevkar lqkfihkpgs yifrlsctrl

Этот файл не включать. Значит так, все те 10 файлов и есть самые натуральные альфа-белки. На них учим сеть. Файл обрабатывается С-программой и на вход сети подаются только два условия:

1) количество пролина
2) количество аланина

На выходе стоит один-единственный перспетрон, задача которого выдать бинарный ответ - принадлежит ли эта гадость на входе к альфа-спирали, или нет.

Все предельно упрощено. Сам понимаешь....
Твоя задача - выбрать оптимальную конфигурацию сети. Показать мне, как ее обучить. Данные будут готовы уже скоро.

Тестировать сеть будем на двух пробах :) Первая - альфа-белочек, вторая - бета-белочек. В первом случае сеть должна признать родимого, во втором - отказать. Вопросы?

Если это вся задача проще написать программу на C

Вопросы:

1) В каком виде ты будешь сдавать работу?
2) Сколько экспериментов ты хочешь отвести под обучение?
3) Не доконца понимаю в каком виде данные будут попадать в нейросеть

Это так пока самые животрепещущие вопросы ;)

Ответы:
1) В виде презентации.
2) Fixer, возможно, я немного переволновался. Но смысл тут - просто показать народу, что могут нейронные сети. И если я выпендрюсь красиво, то, не исключено, что это положительно скажется на размере моего жалованья :)) Что ты понимаешь под экспериментами?
3) Вот в таком. В виде двух цифирок. ПРЕДЕЛЬНО тупо :) Но для презентации - БОЛЕЕ чем!

Данные на вход. Все белки - маленькие, на больших это лучше заметно :(( Но времени у меня уже нет. Надо на среду :(((((((

total - 41, alanine - 5, proline - 5
total - 38, alanine - 5, proline - 5
total - 39, alanine - 4, proline - 4
total - 30, alanine - 1, proline - 0
total - 29, alanine - 2, proline - 0
total - 98, alanine - 4, proline - 4
total - 150, alanine - 5, proline - 6
total - 237, alanine - 17, proline - 9
total - 149, alanine - 9, proline - 4
total - 138, alanine - 7, proline - 4
total - 76, alanine - 3, proline - 1

Из этих цифирок ты берешь последние две. Их - на вход.

Вот, для сравнения, бета-белок.

total - 173, alanine - 4, proline - 14

Только не надо меня пинать. Науки здесь мало. Но за 4 дня науку никто и не делает. Это и так лучшее, чем я мог разродится за данное время :(

Что ты понимаешь под экспериментами?

Это примеры на которых ты будешь обучать нейросеть, при малом количестве примеров сеть будет вести себя нестабильно

Fixer

Наплюй на стабильность. 10 примеров - откровенная херня, но хватит на демку. Мне сейчас, главное, БЫСТРО!

Давай примеры

УЖЕ ДАЛ!!! Смотри пост назад - там были цифирки! Эти 10 примеров (в каждом по две цифирки) должны дать альфа-спираль как ответ. Еще один там был - бета, так вот, его NN должна обругать!

Один примера для бета мало сделай хоть несколько, а то это будет откровенная фигня

total - 463, alanine - 43, proline - 53
total - 461, alanine - 38, proline - 53

Хрен с ним! Вот еще парочка. И хватит!!!

И сделай мне снимок (скриншот в gif-формате) своей сетки, плиз. Потом, как обучишь. :) Только сетку, а не весь десктоп :)

volodya

Воспользуюся NBuilder'ом (кнопка на панели инструментов)

Входной файл типа как во вложении

1 и 2 колонка указаны как входные, а 3 колонку указываешь как желаемую (снизу кнопки меняют тип колонки).

Все значения которые предлагал builder я пока не менял, сейчас сижу играюсь.

_22071929__input.txt

ОК. Сейчас и я сидеть-играться буду :))